尼山孔庙位于曲阜市东南约28公里处的尼山东麓。尼山原名尼丘山，因孔子名丘，为避圣讳，故名尼山。其山并不高大，海拔约340米，其山风景秀丽。“水不在深，有龙则灵；山不在高，有仙则名”。因中国伟大的思想家、政治家、教育家孔子出生于此，所以尼山名扬海内外。
尼山“其山五峰连峙，谓之五老峰”（《阙里志·山川》）尼山居中，巍峨壮观。相传孔子的父母为了再生一个儿子，曾向尼山神祈祷，生孔子之时，两条苍龙自天而降，绕护其宅，并且有五位神仙奏仙乐表示祝贺。孔子出生后，为护佑孔子成长，其五仙便留在了人间，也就是五老峰之说。
尼山孔庙掩映在葱郁、别有特色的古柏林之中。此庙初名为叔梁纥庙。唐《括地志》载：“叔梁纥庙亦名尼丘山祠，在兖州泗水县五十里尼丘山东址”。五代后周显德（公元954—960年）间，兖州太守赵侯于尼山再建庙奉祀，宋仁宗庆历三年（公元1043年），孔子四十六代孙、袭封文宣公孔宗愿“作新宫庙、有殿、有寝、有讲堂、有学舍（原在庙西侧，现已不存）、有祭田”，已成为主祀孔子的庙宇。
尼山孔庙背依尼山、东临沂水支流、隔水与颜母庄相望。尼山建筑群前为庙宇，后为书院，各自独立成区，庙为五进院落，三路布局，庙宇占地约23亩，有各种建筑27座，69间，建筑面积为1700平方米。庙前为智源溪，跨其溪而建桥。2006年被公布为全国重点文物保护单位，同时尼山孔庙及书院还被列入世界文化遗产曲阜三孔的拓展项目名单。
尼山孔庙之后便是书院。书院是儒家学者主讲的地方，书院之名始于唐代，书院制度形成于宋代。书院主持人称为洞主、山长、堂长、院长、教授等职名，各个朝代不同。尼山书院设学长管理，为正八品，书院以《四书》、《五经》为基本教材，为一地方的教育中心，为著名学者研讨学问的胜地。在尼山孔庙后设书院，因孔子是历代尊崇的文化圣人，以示在此设书院最有意义。尼山书院正房三间，前出廊，无斗拱，灰瓦悬山顶；东西各有厢房三间，东厢之南有茶房两间，均为灰瓦硬山顶；大门一间，灰瓦歇山顶。门前东侧有元代刻制的尼山书院石碑。
尼山书院始建于宋庆历三年（公元1043年），原址在庙的西侧。金明昌五年（公元1194年）移于今处，后经多次重修，今存为明代建筑。明朝孔子六十孙孔承庆（早卒，明景泰六年，公元1455年追赠衍圣公）曾有诗曰：“盘石垂萝何处家，山深茅屋隔烟霞。幽人读罢无余事，纱帽笼头自煮茶”。似此幽雅清静的仙境，真是读书讲学难得的好地方。
棂星门
尼山孔庙的第一道大门，建于11级石级的高峻平台上，是一座三间四柱冲天柱式石坊。柱为八棱体，以石鼓抱柱，上镌云朵，柱首莲花座，中二柱饰圆雕石狮，侧二柱饰花瓶。坊高11米，宽6.4米，明间额坊刻“棂星门”三字。棂星，又名天田星。古人认为“主得士之庆”，古代帝王祭天先祭棂星，孔庙设棂星门，有尊孔如同尊天的含义。孔庙设棂星门始于宋代，曲阜孔庙始于明永乐十三年（公元1415年），尼山孔庙设棂星门始于清道光二十七年（公元1847年）。
观川亭
位于尼山孔庙东南隅，下临沂水上流智源溪，相传孔子曾在此观水。《论语.子罕》记有“子在川上曰：‘逝者如斯夫，不舍昼夜’”。这句并非纯然景物描写的话，浓缩了孔子深厚的情感。他以川水象征时光的流逝――人会很快老去，应该争朝夺夕象江河那样不舍昼夜地努力，及时奋进。此亭始建于金代，今亭为清代重修。
大成殿
尼山孔庙主体建筑，是祭祀孔子的场所。始建于宋庆历三年（公元1043年）今存建筑为清道光年间所建，殿五间，阔18.57米，深10.57米，单檐黄瓦歇山顶，四柱前后廊式木架，前出廊，擎檐为八角形石柱，遍镌小幅云龙，檐下用五踩重昂斗拱。室内中置神龛，拱孔子塑像，东西两侧以颜回、曾参、子思、孟子配享，也为塑像，外罩神龛。院内立有五块石碑，一为元至元五年（公元1339年）所立“尼山书院铭碑”，陈绎曾撰文，任择善篆额，李彦博书丹；一为元至正十四年（公元1354年）所立“尼山大成殿四公配享记碑”，危素撰文，李稷书；一为清道光二十九年（公元1849年）所立“重修尼山书院纪恩碑记”，七十四代衍圣公孔繁灏撰文并书丹；一为清康熙十七年（公元1678年）所立“重修尼山书院碑记碑”。一为清道光二十九年（公元1849年）“重修尼山书院记略” 七十四代衍圣公孔繁灏撰文并书丹。
寝殿
清代建筑，殿五间，七檩四柱前后廊式木架，前出廊，黄瓦歇山顶，长12.4米，宽8.08米。殿内原奉至圣夫人亓官木主。两侧为东西庑各三间，七檩四柱前后廊式木架，灰瓦悬山顶，长12.4米，宽8.08米。原祀孔氏二世祖伯鱼及三世祖子思木主。
启圣王殿
祭祀孔子父亲叔梁纥的地方。清代建筑，殿五间，七檩四柱前后廊式木架，前出廊，无斗拱，绿瓦歇山顶。长16米，宽8.53米，殿内原祀启圣王木主。
尼山书院
位于尼山孔庙东北隅，原为尼山书院学录的办公处所。元至元二年（公元1336年），中书左丞王懋德奏请在尼山创建书院，并保举彭璠为山长，创建尼山书院。此时的尼山孔庙已公开称为尼山书院，完全具备了祭祀和教育两种功能，成为真正意义上的庙学合一。山长的主要职责是祭祀、教学等行政管理工作。元朝末年，尼山书院败落，至明永乐十五年（公元1417年）有五十九代衍圣公孔彦缙发起重修，弘治七年（公元1494年）六十一代衍圣公孔弘绪、四氏学学录孔公璜又再次修建。今存建筑为清道光年间所建。此时的尼山孔庙和尼山书院的建筑，互称区分开来，其作为书院的教育功能只具有一定的象征意义，尼山书院只是作为尼山建筑管理者山长的住所，此时书院山长的主要职责只是主持尼山孔庙的祭祀活动。
书院大门南向，门内有照壁，院内有正房三间，五檩四柱前后廊式木架，灰瓦硬山顶，长10.1米，宽6.24米。东西厢房各三间，五檩抬梁木架，灰瓦硬山顶，长9.9米，宽4.7米。
文德林
沿智源溪西上，是一片郁郁葱葱的古柏，金代即名文德林。现有古柏1530余株。柏生石间，石多土少，树冠不大，树形似毛笔，所以称文柏、笔柏。
五老峰
《阙里志.山川》载：“其山五峰连峙，谓之五老峰。”尼山峰傲居正中，巍峨壮观。明张寅有诗云：“群山环峙插层云，五老峰高瑞气连”。
坤灵洞（夫子洞）
相传即孔子的出生处。汉代名孔渎，金代名坤灵洞。“坤”，雌性之意，“灵”，精灵。孔子的父母为老夫少妻。叔梁纥六十四岁时续娶了十九岁的颜征在为妻，为早日得子，曾多次到尼山祈祷。《史记.孔子世家》中载：“祷尼山而得孔子”。传说孔子的母亲颜征在祈祷后回家的途中临产，旷野中找不到人家，只好跑到山洞内生下孔子。另一说：出生后的孔子非常丑陋，被父亲扔到野外，后被老虎衔入洞内喂养。天气炎热，老鹰用翅膀为孔子扇凉。所以又有“凤生虎养鹰打扇”的美谈。后经母亲的央求，父亲又将孔子抱了回来。当然，第二种传说并不可信。大概是汉代的谶纬学者们为表现孔子非同常人，异人自有异相，而编撰的一个神话吧。据元至元三十一年《尼山孔子像记碑》载：洞内原有石刻孔子像、夫子几、夫子案、夫子床等。今洞深约三米，南侧一块石形如石床，床上高出一块形如石真枕，洞外“夫子洞”三字，为山东省原副省长李予昂所题。
夫子洞因地势低洼，每年的汛期都会被洪水浸泡。为保护文物古迹，曲阜市人民政府拨款四百余万元，由曲阜市文物局对夫子洞进行了防渗处理和绿化。现在的夫子洞，风景秀美，景色宜人，更以崭新的面貌迎接着广大游客前来观光、探索和凭吊。
康有为题写“古昌平乡“碑
鲁源村（古昌平乡）在尼山脚下，《阙里志.尼山》载“在尼山之西五里，史载孔子生鲁昌平山，即此。今明鲁源村。” 据《史记》载：“孔子生鲁昌平乡陬邑”。昌平乡南为昌平山，乡因山得名，鲁源村背依小山，面对沂水，隔河与昌平山相望。相传为孔子父亲叔梁纥故居。村外曲尼公路旁，有一圆头石碑，上刻“古昌平乡”四字，为清代康有为所题。
